Naruto: Shippuuden stanowi kontynuację serii, jej fabuła zaczyna się, gdy piętnastoletni Naruto Uzumaki powraca po dwóch i pół roku nieobecności wraz ze swoim senseiem Jiraiyą do Konohy. Jest on nieco bardziej dojrzały niż w pierwszej części. Jego głównym celem jest ocalenie przyjaciela Sasuke z rąk Orochimaru. Oczywiście po drodze będzie trzeba stawić czoło głównemu wrogowi czyli organizacji Akatsuki, które będzie chciała schwytać wszystkie demony i wykorzystać je dla własnych celów.